Wilmer Vanegas es oriundo del corregimiento de Pueblo Nuevo, en el municipio de María La Baja, Bolívar, en el Caribe colombiano. Desde los 15 años de edad, ha ejercido el liderazgo social en la comunidad de donde es: primero, como parte del Comité de miembros de la Asociación Nacional de Usuarios Campesinos (ANUC) en María La Baja y, posteriormente, en distintos procesos, habiendo sido representante legal por 12 años de la Asociación Asopueblo Nuevo, y actualmente como miembro de las Organizaciones de Población Desplazada Étnicas y Campesinas (OPDS) Montes de María y coordinador de la estrategia de articulación Mesa de Interlocución, de la misma plataforma.
También ha participado de manera activa en el trabajo de organizaciones de la sociedad civil como la Corporación Desarrollo Solidario (CDS), Gernica, Movimiento por la Paz (MPDL), con quiénes ha trabajado como coinvestigador en investigaciones sobre la economía campesina, tierras y justicia transicional en los Montes de María. También ha ejercido como docente de cátedra en la Universidad Tecnológica de Bolívar.